モースは大森貝塚報告の序文において、「第二冊には、蝦夷・東京・肥後の貝塚の土器を示す予定である。」（近藤・佐原編訳1983）と述べており、そのために準備していた土器実測図がセイラムのピーボディー博物館にあることを佐原真が報告している（佐原1988）。
今回の調査で、小石川植物園内貝塚、函館、小樽、大野貝塚、その他の土師器・須恵器等の実測図全101点が確認された（表6）。代表的なものを図版70～76に掲載する。いずれも補助線を引きディバイダーで計測した針の痕跡が認められる。佐原が紹介している大森貝塚の土器原図と同様であり、これらはモース直筆ではなく、彼の指導のもとに日本人画工が描いたものとされる（佐原1977）。
小石川植物園内貝塚（図版70）と大野貝塚（図版74）の実測図の多くは縮尺2分の1で、1枚の用紙に複数の土器片が並べて描かれている。一方、函館（図版71）と小樽（図版72・73）の実測図は、1枚の用紙に1点ずつ描かれるものが多い。小さな土器片や骨角器の実測図には、用紙の右下に「全図」と書かれており、「実物大」の意とみられる。
実測図のなかで、出版に向けての準備が最も進んでいたとみられるのが大野貝塚である。図のわきには “8 mm” などの厚さや “reddish” などの色調が書き込まれている。また、ペンによるトレース図（図版75上）や、図版レイアウトを示した薄紙（図版75下）も確認された。
また、興味深い資料として大野村横穴の須恵器の図2枚（図版76上）がある。片方には×印が付けられ、描き直しとみられるもう１枚の図がある。両者を比べると、没になった図は横方向の文様が湾曲するように描かれており、描き直しとみられる図では真横になっている点が異なる。モースの「実測図」へのこだわりがうかがえる。
PEM所蔵図101点と人類先史部門所蔵標本を照合した結果、全49点が確認された（表6）。各標本のデータシートにおいて、実物写真と対応する図を掲載している。
このうち、須恵器の提瓶はAID14-2（大野村横穴）とUK14-6（大和）の2点確認されている。UK14-6は、PEM所蔵図にはモースの筆跡で“Cave at Onomura Higo”（肥後大野村の横穴）と書かれているが、実物には「127YA」「Yamato」と注記されている。一方、AID14-2には「125ON」「Onomura Higo」と注記されており、土器表面に見られる白色の付着物がAID14-3と共通することからも、AID14-2が大野村横穴出土の須恵器と考えられる。よって、UK14-6は注記の通り「大和」出土の須恵器で、図の記述はモースの記憶違いと判断した。