寛政一三（一六三六）年に、朝鮮からの使節が来日し幕府に薬草数種を献上したという記録がある。三代将軍家光の治世のことで、東照宮が完成した年である。なぜ薬草が献上されたのか日本の薬草園の歴史を大成した上田三平（一九三〇）は、このことを幕府が江戸及び京都に薬園を開設するという伝聞を聞いての献上であるといい、また、その頃日本で薬草への関心が高まっていたことが考えられる、としている。多分そのとおりであろう。

　大猷院殿御実記に「寛永十五年十月廿九日品川牛込両所に薬種作り可申旨、道陸、宗琢に被仰付之趣讃岐守被申渡候然者同心二人小者十人宛御預け、其上御切米二百俵充被下之」という記録を見ることができる。寛永一五年とは朝鮮使節来日の二年後の一六三八年だが、幕府は江戸の南北に薬草園を開設したのである。薬草園とは、薬草を栽培する施設であるのはいうまでもないが、ここでいう薬草園は幕府が直接管理にあたるものであった。江戸時代、薬草園にたいして薬園という言葉が用いられてきた。牛込の薬園はこの北薬園に当り、江戸名所図絵に高田御薬園と記されている。御薬園とは一般人が幕府にたいして敬って用いる表現である。いまの目白から高田馬場にかける地域は高田と呼ばれていた。北薬園は、面積が一万八千坪で、薬園の一部には薬師堂や本草学の祖といわれる神農をまつる神農堂があった。

　南薬園は面積一万六千坪で、現在の港区南麻布にあった。ヒュースケンの墓地がある禅寺、光林寺の隣接地で、後に将軍の休所として白金御殿が造られた。この南薬園には花艸栽培が目的の施設もあって、これは麻布花畑と呼ばれていた。幕府が花畑を付設していたのは二代将軍秀忠の花好きによるところが大きい。秀忠の時代は花畑は吹上庭にあったらしい。それが麻布に移されたのである。一部にしろ薬草園に花畑が付設されていたことは、後の小石川薬園にも影響を及ぼす。小石川薬園にも花畑の機能が保たれ、花艸や花木が栽培されていたのである。

　さて、南薬園のあった地の東端にはいまも薬園坂の地名が残っている。上田によると、この薬園坂を下ったところの古川に架かる四ノ橋も薬園橋といわれたらしい。この南薬園の中には長命山栄草寺と名付けた薬師堂があった。その薬師堂に付随するかたちの稲荷の小祠もあったらしい。この小祠が後に小石川薬園に移され、長命山稲荷大明神として祀られていたという。

　だが、綱吉が将軍職を継いでの二年目の天和元（一六八一）年、北薬園の地には護国寺が建造されることになり、北薬園は廃園と決まったのである。また、残った南薬園の方も、三年後の貞享元（一六八四）年に白金御殿の拡張のために廃止になってしまった。ことの詳細は明らかではないが、その年、館林藩の下屋敷を拡張することになり、この敷地の一部を新たに薬園とすることになったのである。この館林藩下屋敷は、承応元（一六五二）年に小石川の地に建設されたもので、五代将軍綱吉が、館林藩主、松平徳松として幼少の時を過ごしたところであった。小石川御殿と称したが、その御殿地には白山神社が鎮座していたのである。このことから、小石川御殿とは呼ばれずに、白山御殿ということもあった。

　こうした中で、当時、対馬藩が一手に朝鮮から輸入していた朝鮮人参の国産化を国策として実施したのも吉宗なのである。オタネニンジン（御種人参）あるいは単にニンジン（人参）ともいう朝鮮人参は、元禄時代以降、その需要が急速に高まり、統制販売が行なわれていたばかりか、多くの偽物も出回っていたのである。

　享保六（一七二一）年に吉宗は先規復古を宣言した。これによって小石川御殿地のすべてが薬園の添地となった。薬園の総面積は四万四千八百坪と当初の三倍以上の拡張をみたのである。この小石川薬園の大拡張があった享保六年は、幕府の命令により対馬藩がはじめて朝鮮から生きた朝鮮人参を取り寄せ、これを献上した年である。この朝鮮人参の生品は最初吹上庭と小石川薬園に移植し、栽培したが活着しなかった。その後も幕府は再三に渡り、生晶の献上を対馬藩に命じたが、結局生品からの栽培化には成功しなかったのである。幕府が人参の栽培に成功したのは享保一四（一七二九）年のことであり、それは種子によったものである。

　長年の試作から栽培には冷涼な気候が適していることが判り、種子からの繁殖に成功すると人参の栽培は栃木県日光地方を中心に行なわれることになった。日光への入口ともいえる板荷に人参中製所という役所が設けられ、当初は幕府の統制販売が続いた。

　さて、結局のところ小石川薬園は人参の栽培には向かなかった。その意味では吉宗の目論見は外れたのである。だが、これで小石川薬園は廃園とはならなかった。朝鮮人参を栽培することに代わって、小石川では多種多様の薬草が栽培されることになった。薬園の敷地面積は減らされ、一万五千坪ほどになったが、それでも幕府の薬種需要を充すには十二分であったのだ。

　芥川小野寺は切米百俵、二人扶持を給せられ、御役屋敷七七五坪を薬園の西北に賜り、代々芥川小野寺と称してここに居住した。同心二人は二〇俵二人扶持、一一人いた荒子はそれぞれ一五俵一人扶持であった。同心と荒子は御役屋敷長屋と呼ぶ長屋に居住して、薬草の栽培と製造に従事した。享保初年の同心は堀田尉右衛門、海治善右衛門で、その後、山田作左衛門、平右衛門、勘七郎、平蔵、友吉、伊藤半兵衛、半助、弥十郎、源次、および林金右衛門とその子孫が同心となった。ただし、享和二（一八〇二）年に同心山田平右衛門が記した『由緒書』（未発表）によると、禄高は一五俵一人半扶持と記されてある。

　岡田利左衛門の方は小石川御薬園奉行と称した。切米二百俵、二人扶持が支給された。芥川家同様に薬園内に御役屋敷をもち、同心、荒子居住の長屋があった。同心は二〇俵二人扶持で、塩村、岩佐両家が代々引継いだ。荒子は一一人で、それぞれ一五俵一人扶持が支給された。 同心は薬園の実務管理を担当したと考えられる。荒子は薬草の栽培から、生薬の精製まで様々な実務を掌握し、園丁などの差配にあたったといえよう。

　享保一二年に芥川小野寺から小笠原石見守に差し出した『御預御薬草木書付控』に、享保年問に芥川小野寺支配の薬園で栽培された薬草が記録されている。しかし、それは薬園に栽培する全種の薬草を網羅したものではないようだ。新しい薬園に吹上、目黒、長崎などの各地の薬草園や、松平大隅守や加納遠江守、丹羽正伯などがさまざまな薬草を提供している。

　庶政を享保改革の諸制度に移す松平定信の改革が始まった寛政年間の小石川薬園をみてみよう。寛政三（一七九一）年に作成された「御薬草本書留」によると、一一四種の薬用植物が小石川薬園で栽培されている。もっともこの一一四の中にはオウレン（黄蓮）のように、日光産と加賀産として産地毎に区別される薬草が含まれている。

　享保年間に較べると、栽培する薬用植物の数が著しく増加している。小石川で栽培した薬草のうち、寛政四（一七九二）年にはキキョウ、ボウフウ、ビャクブ、ジオウ、ゴシュユなど一九種は江戸城二ノ丸御製法に納められている。さらに寛政六（一七九四）年には芥川御薬園分八九種、岡田御薬園分七三種の薬草が二ノ丸製法所へ納められている。かなりの栽培植物が実際に薬として利用されていることが明らかである。栽培植物の数量からすると、薬園で製造される薬の量は江戸城で必要とする薬量をはるかに超えるものであったと思われる。後述の養生所への供給の他、禁裏、仙洞御所へ献上され、余分は民間の薬種商に払い下げられていたことが、小石川両所御薬園御薬種御払代金上納請取り帳から判る。

　小石川薬園で栽培する植物の数はその後も増加していく。長崎を通じて渡来する諸外国の植物の数が次第に増えている。多くは薬草であったが、中には薬にはならないと思われる植物もある。実際の面で小石川薬園に植物園的な機能が生まれつつあることを見逃してはならない。明治になり植物園となったとき、その多くが植物園のコレクションとなったのである。その薬園から植物園への転換も目前の明治四年に調査された資料により、当時の薬園に栽培されていた植物をあげておく。カッコの中は現在の和名であるが、正体が判らない植物名も数多い。

　養生所は町奉行の支配下におかれた。笙船の外、林良適、木下道円、八尾半庵、堀長慶などの医者が施薬に加わった。病室は始め四〇人ほどの収容力があるに過ぎなかったが、享保一四年には一五〇人ほどの収容人数をもつに至った。現在の小石川植物園内にある「古井戸」のあたりが、かつての養生所のあったあたりである。

　ところで日本には今でもたくさんのアマチュアの植物研究家がいる。このような方々の研究で存在が明らかになった植物は数多い。これは植物だけでなく、動物についても言えることだが、日本の自然はとうてい大学や博物館に籍をおく専門家だけでは解明尽くし得ないほど多様なのてある。深山幽谷に採薬に赴いた本草学者が直面したのは、この書物では到底味わえない動植物の多様さであった。かれらが中国渡りの『本草綱目』と決別するのにそう時間はかからなかった。

　薬草園から植物園へという転換は、つまるところ植物なら何でもよいから薬草園に取りあえず集めておいて、そこで研究するように意識転換が起きてこそのものである。この意識転換が起きた時こそが植物園の誕生の時であったといえるだろう。当然そうなれば、薬草園には薬効のあるなしに関係なく、あまたの植物が集まることになる。これはまさに植物園そのものなのである。

　だが、小石川に限らず日本では薬草園と本草学者の係わりはあまりなかった。各地を踏査し、『本草図譜』という、日本で最初の植物図鑑を著わした岩崎灌園は、小石川からも遠くない今の御徒町に住んでいた。彼は幕府の徒士であった。自宅の庭に各地で採取した植物を植えていたが、間に合わず小石川薬園にもほど近い後楽園近くの火除け地を借り受け栽培に利用していたほどだが、小石川薬園に出向いた形跡はない。制度上のこともあったかも知れないが、惜しまれるのだ。灌園と江戸で対面したシーボルトも小石川薬園を訪ねていない。彼の紀行をみる限り、小石川薬園への言及もない。

　薬園は現在の植物園のように一般に公開され、園内を散策することができたのだろうか。少なくとも小石川薬園ではそうした一般人の入園は行われていない。市井の本草家が小石川薬園を訪ねることも憚られていたようである。

　小石川薬園を訪れた何人かの人物の記録がある。安永八（一七七九）年五月一〇代将軍家治がはじめてこの薬園を訪ね、翌九年には板橋方面への鷹狩の途中に立ち寄っている。寛政の改革に手をつけた二代将軍家斉が、寛政四（一七九二）年に薬園に臨まれた。このとき岡田利左衛門はサンシュユ三本、紅梅三本、白梅四本、緋桃五本、トサミズキ五本、紅白しぼりのツバキ三〇余本を、また芥川小野寺よりは、マンサク三本、江南紅梅三本、星下り梅二本、レンギョウ九本、紅白しぼりのツバキ三〇本が献上されている。文化年間には太田南畝が薬園を訪ね、梅の花を観賞したことが「一話一言」に「白山の梅」と題して載っている。

　つまるところ、小石川薬園は方々で研究されたり、薬効が明らかにされた薬用植物を栽培して実用に供したといえる。その意味で小石川植物園は、そこが研究のセンターとしての役割を果たし、本草学者が研究を行った、ヨーロッパの薬草園とは大きく異っていたことは否めない。