渥美半島には、伊川津貝塚や吉胡貝塚に代表される出土人骨の多い遺跡が複数存在する。保美貝塚もそのひとつであり、今までに多くの遺跡調査が行なわれた結果、数多くの人骨が出土している。本貝塚における人骨発掘の歴史は小野田（1988、1991）などに詳しい。
本貝塚における人骨の収集は、1903（明治36）年の大野延太郎に始まる。大野は様々な遺物とともに「人獣骨」を発掘したと報告している（大野, 1905）。また東京人類学会雑誌の雑報（1904）には、犬塚又兵・小島政吉・小鹽十一郎が保美および伊川津貝塚を調査した際、遺物とともに「人骨？等數個」を採集したとの記載がある。その後、1909（明治42）年の清野謙次、1922（大正11）年の小金井良精・柴田常恵・大山柏、1925（大正14）年の宮坂光次、1941（昭和16）年の長谷部言人・酒詰仲男、1950（昭和25）年の中山英司、1963（昭和38）年の久永春男ら、同じく1963年の鈴木尚、1965（昭和40）年の久永春男・鈴木尚、1976（昭和51）年の鈴木尚・久永春男・小野田勝一ら、1977（昭和52）年の小野田勝一・藤城顕によって、人骨の収集が行なわれた（大山, 1923、宮坂, 1925、人類誌雑報, 1941、清野, 1969、鈴木, 1975、渥美町教育委員会, 1976、小野田, 1977、小野田, 1988、小野田, 1991）。
これらのうち、本館に収蔵されている人骨標本は、小金井良精らの1922年、宮坂光次の1925年、長谷部言人・酒詰仲男の1941年、久永春男・鈴木尚らの1963年から1965年にかけての一連の調査などによるものである。これらは個体埋葬骨80体分程度および他の散乱骨など（合計登録番号数208）と、1965年の久永春男・鈴木尚の調査による集積人骨群および盤状集積2基（合計登録番号数483）からなる。
保美貝塚内の地点区分としては、1963年に久永春男らがA、B、Cの3区に分けたものがある。これにより、3地点に分布する貝層のうち、「保美台地の北端にあたる」場所はA区、「最も旧状の一部が残っている旧八幡社を中心にした」場所はB区、「西端にあたる田中宅周辺」はC区と命名された（小野田, 1991）。
また、保美貝塚の出土人骨が属する時代区分は、出土土器の編年によって一般的に縄文晩期とされている（小林, 1964、鈴木, 1975、春成, 1989、山田, 2002、春成, 2002）。
本館に収蔵されている保美貝塚の人骨は以下の標本群からなる。
これらは1922年11月に発掘されたもので、発掘者は小金井良精、柴田常恵、大山柏である。発掘報告書として大山（1923）が、埋葬姿勢および抜歯に関する論文として小金井（1923a, 1923b）が、利器による損傷についての論文として鈴木（1955）がある。
大山（1923）は、本発掘D地点の南東部に位置する八幡森と呼ばれる小森内に「密集して土を交へざる貝層の一部」を認め、これを大野（1905）が記した「直徑二十間四方」の場所と推測している。なお「森になっている神社の境内」（小野田, 1991）という記載、および「八幡」という名称の一致から判断して、1963年の久永春男らの調査に際して設定された旧八幡社を中心とするB区は、この八幡森に対応すると推測される。
現在19標本（本館の標本資料報告No.3における標本数、以下同じ）として登録。
保存資料：なし
これらは1925年に宮坂光次が発掘した人骨群である。発掘報告および埋葬姿勢に関する論文として宮坂（1925）がある。宮坂（1925）が示した発掘図から、本発掘G地点は大山（1923）が図示した八幡森の北部に位置する。計6標本。
保存資料：なし
この標本に関する情報はほとんどない。本館の標本資料報告No.3には「presented by C. Tanaka.」とあり、採集年月日は「1929. 10.」と記されている。計1標本。
保存資料：なし
これらは1941年の7月から8月にかけ、長谷部言人と酒詰仲男が東大人類学教室の学生とともに発掘した人骨群である。発掘報告書、記載報告論文ともに出版されたものはないが、このときの様子は人類学雑誌の雑報（1941）および酒詰（2001）として報告されているほか、保存資料にある酒詰仲男の発掘日誌に詳しい。この酒詰による日誌には、当時の発掘地点や製糸工場、神社、小金井良精による発掘地点などの位置関係が図示されている。計41標本。
保存資料：酒詰仲男「保美貝塚発掘日誌」
人類学教室古写真アルバムNo.15
発掘状況写真（長谷部資料）
林夫門「三河国渥美郡保美貝塚人骨」論文原稿（長谷部資料）
これらの標本に関する情報はほとんどない。本館の標本資料報告No.3によると、この標本群は「発掘年不明のもの」だが、「保管、整理状況から判断して1941年或いはそれに前後する時期に発掘された」と考えられている。また今回のデータベース化の過程で、本標本群中の1標本が保美（'41）の個体の一部と判定された。計33標本。
保存資料：なし
これは、鈴木尚をはじめとする東大人類学教室職員学生によって、1963年に発掘された人骨である（鈴木, 1975）。老齢男性の頭骨1個体からなり、その記載報告論文として鈴木（1975）がある。鈴木によるとこの標本は「明らかに叉状に加工され」た中切歯を持ち、「少くとも6、多分8個所の利器によると思われる損傷部がある」という。計1標本。
保存資料：なし
この標本群に関する情報はほとんどない。本館の標本資料報告No.3の記述により、このうちの2標本はB区出土のものと考えられる。計3標本。
保存資料：なし
これらは、久永春男から1号集積出土の報を受けた東大人類学教室の鈴木尚、渡辺仁、梅原達治、尾本恵市らが1965年に収集した人骨群である。発掘報告書、記載報告論文ともに出版されたものはない。この1号集積は、B区の八幡社跡から南西6メートルの地点で発見された（小野田, 1991）。本館保存の実測図には、この１号集積の約2メートル東方でA集積が、また約12メートル東方でB集積が出土したことが記されている。上記の判断は、B区で発見された2基の盤状集積のうち、久永による発掘で確認された6角形のものが１号集積に、もう一方のものがB集積に相当すると考えられることに基づく（久永・斎藤, 1975、遠藤・遠藤, 1979、小野田, 1988、本館保存の実測図）。なお盤状集積の2基は、土器編年によって晩期中葉前半の時期に相当すると報告されている（久永・斎藤, 1975）。計575標本、主として1号集積98標本、A集積330標本、B集積55標本からなる。
A集積ではAA、AB、AC、ADの4区分ごとの、B集積では集積全体を通した番号が与えられている。A、B両集積の保存資料中には、この番号が記述されている実測図があり、また発掘状況の写真が存在するので、各標本の出土位置をある程度復元することができた。
ここでは次の方式に従って記述を進めた。
保存資料：発掘写真ネガ
拡大焼付写真
保美遺跡実測図
上記の鈴木ら発掘による未洗浄、未整理標本。発掘報告書、記載報告論文ともにない。本館の標本資料報告No.3の表記からB区出土の人骨群と判断される。計12標本。
保存資料：なし
| 1976 | 「保美貝塚調査概要」渥美町教育委員会． |
| 1979 | 「東京大学総合研究資料館収蔵日本縄文時代人骨型録」東京大学総合研究資料館標本資料報告第三号． |
| 1905 | 愛知県下旅行調査報告．東京人類学会雑誌20：344-351． |
| 1923 | 愛知県渥美郡福江町保美平城貝塚発掘概報．人類学雑誌38：1-25． |
| 1977 | 「保美貝塚調査概報」渥美町教育委員会． |
| 1988 | 伊川津遺跡とその周辺．伊川津遺跡発掘調査団編「伊川津遺跡〔本文編〕」渥美町埋蔵文化財調査報告書4, pp：1-21． |
| 1991 | 縄文時代の渥美．渥美町町史編さん委員会編「渥美町史 考古・民俗編」pp：40-121． |
| 1969 | 三河国渥美郡福江町字保美貝塚とその出土石鏃．「日本貝塚の研究」pp：114-130．岩波書店． |
| 1923a | 日本石器時代人の埋葬状態．人類学雑誌38：25-47． |
| 1923b | 日本石器時代人の歯牙を変形する風習に就ての追加．人類学雑誌38：229-238． |
| 1964 | 縄文時代人恥骨の形態と死亡年齢の推定．人類学雑誌 72：43-55． |
| 2001 | 「貝塚に学ぶ」学生社． |
| 1904 | 三河片信．東京人類学会雑誌19：119． |
| 1941 | 人類学教室の保美貝塚発掘．人類学雑誌56：492． |
| 1955 | 日本石器時代人の利器による損傷に就て．人類学雑誌53：315-347． |
| 1975 | 斗争により損傷された3個の古人骨．人類学雑誌83：269-279． |
| 1989 | 叉状研歯．国立歴史民俗博物館研究報告 21：87-137． |
| 2002 | 「縄文社会論究」塙書房． |
| 1975 | 盤状集積葬の新例．どるめん5：107-109． |
| 1925 | 三河国保美貝塚に於ける人骨埋葬の状態．人類学雑誌40：364-372． |
| 2002 | 人骨出土例の検討による縄文時代墓制の基礎的研究．平成12・13年度科学研究費補助金〔奨励研究（A）〕研究成果報告書． |